Klinoptilolit, gözenekli bir yapıya sahip olup, iyon değişim kapasitesi yüksektir. Bu nedenle, endüstriyel, tarımsal ve çevresel uygulamalarda kullanılmaktadır. Endüstride, klinoptilolit, gaz ve sıvıların arıtılmasında kullanılan filtrelerin yapımında kullanılır. Tarımda, toprakların mineral içeriğini artırmak, bitki büyümesini desteklemek ve toprak verimliliğini artırmak için kullanılır. Ayrıca, hayvan yemlerine katılarak, sindirim sisteminin düzenlenmesine ve hayvan sağlığının iyileştirilmesine yardımcı olabilir.
Klinoptilolitin sağlıkla ilgili uygulamaları da vardır. Vücuttaki toksinlerin ve ağır metallerin bağırsaklardan uzaklaştırılması için kullanılan doğal bir detoksifikasyon ajanı olarak kullanılabilir.
